酶起活性催化作用，有的只靠其蛋白质部分，有的除蛋白质部分外，还要某种附加的非蛋白质的成分存在时，才能显示活性作用。这种附加的成分与蛋白质部分结合松弛，很容易通过透析等方法出去，我们把这种结合松弛的附加成分称为辅酶。沼气发酵中的特殊辅酶是辅酶M和发酵因子F420。
    辅酶M的活性型为2-巯基乙烷磺酸，常以2，2’ 二巯基乙烷磺酸形成存在。沼气发酵中，能过以甲基维生素B12作为甲基供体，经甲基转移酶作用，脱下甲基生成甲烷。辅酶M是由二氧化碳还原或一些基质直接还原生成甲烷所需的重要的氢载体之一。F420在从甲酸盐、氢到NADPH电子传递过程中，是必需的因子。由此可见，辅酶M与F420在沼气发酵中是很重要的物质，其存在无疑对调节菌类代谢、促进产气是有利的。

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