微生物代谢的过程称为发酵，是指有机物质在一定的水分、温度和厌氧条件下，通过各类微生物的分解代谢，最终沼气的过程。这个过程有以下三个阶段：
（1）液化阶段：为产甲烷菌提供营养和为甲烷菌创造适宜的厌氧条件，消除部分毒物。

（2）产酸阶段
（3）产甲烷阶段：产甲烷菌群，利用以上以上两步所分解转化的小分子化合物等生成甲烷。

附：发酵间与储气室称为主池。
水压间的作用一是起着存放从主池挤压出来的料液作用；二是用气时起着将沼气压出的作用。
 

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