沼气中含有少量的硫化氢气体，硫化氢对管道、阀门、仪表等设备有腐蚀性，对人体也有一定的伤害。因此必须安装脱硫器，脱硫器中脱硫剂的成分主要是氧化铁。
　脱硫剂使用一段时间后会逐渐失效，表现为使用沼气时有臭味，故必须及时更换脱硫剂，方法是关闭沼气净化调控开关，打开沼气净化调控器外壳，将脱硫器取下来打开，将变色的脱硫剂倒出，换上新的脱硫剂。脱硫剂可再生，将失效的脱硫剂放在阴凉通风的地方晾晒2~４天，待脱硫剂的颜色变成褐色，即可再用。

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